Software untuk analisis data pemuliaan

Kali ini saya ingin share beberapa free software yang digunakan untuk analisis data pemuliaan. Mungkin saja ada di antara teman2 ada yang ingin ‘mencemplungkan diri’ berkutat dengan data2 penelitian yang berkaitan dg pemuliaan. Beberapa di antaranya masih saya pelajari, dan ternyata memang aplikasinya tidak semudah yang dibayangkan.

1. PLABSTAT

Software ini digunakan untuk analysis of variance, menghitung heritability dan kalkulasi correlation antar sifat (phenotypic correlation) dengan pendekatan Pearson dan Spearman.  Software ini didevelop oleh Prof Utz dari University of Hohenheim -Stuttgart dan bisa di-download pada link berikut:

https://plant-breeding.uni-hohenheim.de/software.html

2. FactoMineR

Software statistik berbasis R, digunakan untuk Principal Component Analysis. Lumayan simple menggunakannya, dan sudah terintegrasi dengan R Commander. Bila tertarik silakan berkunjung ke websitenya: http://factominer.free.fr/

3. Adegenet

Software ini juga berbasis R. Saya gunakan untuk menghitung koefisien korelasi antara dua matriks. Link website: http://adegenet.r-forge.r-project.org/

4. Agricolae

Paket analisis statistik berbasis R yang ditujukan khusus untuk penelitian pemuliaan dengan berbagai rancangan percobaan. Saya gunakan untuk path analysis. Lebih lengkapnya dapat dilihat di http://tarwi.lamolina.edu.pe/~fmendiburu/

5. GenAlEx

Software untuk analisis genetik berbasis Excel. Sangat simple dan mudah dioperasikan. Ada banyak program genetik yang tersedia. Bagi saya software ini digunakan untuk analisis Genetic Distance dan Principal Coordinate Analysis. Software ini didevelop oleh Prof. Peakall dari ANU Australia dan Prof. Smouse dari New Brunswick – USA. Informasi lengkap bisa diakses di http://biology.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html

6. QTL Network

Paket software untuk analisis QTL dengan metode yang relatif simple, bila data peta genetik dan data fenotipiknya telah tersedia. Software ini didevelop oleh Prof. Zhu dari Zhejian University – Hangzhou (saya bersyukur pernah bertemu langsung dengan orangnya). Bila tertarik, silakan kunjungi websitenya di http://ibi.zju.edu.cn/software/qtlnetwork/

7. Windows QTL Cartographer

Software ini juga untuk analisis QTL, menyediakan beberapa pendekatan analisis antara lain: Interval mapping dan Composite Interval Mapping. Beberapa peneliti mengatakan software lebih akurat dalam deteksi QTL.  http://statgen.ncsu.edu/qtlcart/WQTLCart.htm

8. STRUCTURE

Software untuk kajian struktur populasi, dengan menggunakan berbagai input data molekuler. Bila punya keluangan waktu silakan mencoba2, karena proses analisis datanya relatif lama. Software bisa didownload di : http://pritch.bsd.uchicago.edu/software.html

9. TASSEL

TASSEL digunakan untuk asosiasi analisis dan linkage disequilibrium. Programnya sih relatif mudah dipelajari. Hanya saja pengetahuan genetik dan statistik di balik software ini yang lumayan ribet untuk dipahami.

http://www.maizegenetics.net/index.php?option=com_content&task=view&id=89&Itemid=119

10. MapChart

Didevelop oleh scientist dari Wageningen University. Powerful tool dan informatif untuk pembentukan peta genetik, dan menggabungkannya dengan QTL yang sudah dideteksi.

http://www.wageningenur.nl/en/show/Mapchart.htm

 

venn_result4021_Oil content

Advertisements

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s